遺傳因素會導致一些兒童具有驚厥易感性，在一些環境因素的刺激下產生腦炎后遺癥疾病的發作。對此，大家要特別注意遺傳咨詢的重要性，應詳細地進行檢查，了解是否有腦炎后遺癥發作及其發作特點，對能引起智力低下和腦炎后遺癥的一些嚴重遺傳性疾病，應進行產前診斷或新生兒期過篩檢查，以決定終止妊娠或早期進行治療。

　　對于繼發性腦炎后遺癥應預防其明確的特殊病因，產前注意母體健康，減少感染、營養缺乏及各系統疾病，使胎兒少受不良影響。

　　防止分娩意外，新生兒產傷是腦炎后遺癥發病的重要原因之一，避免產傷對預防腦炎后遺癥有重要意義。

　　如果能夠定期給孕婦作檢查，實行新法接生，及時處理難產，就可以避免或減少新生兒產傷。

　　對于嬰幼兒期的高熱驚厥要給予足夠重視，盡量避免驚厥發作，發作時應立即用藥控制。

　　對小兒中樞神經系統各種疾病要積極預防，及時治療，減少后遺癥。

　　由于腦炎后遺癥患者體質的問題，手術治療腦炎后遺癥是一種冒險療法，手術治療不僅風險大、創傷大、療效也不明顯，所以手術治療腦炎后遺癥是不可取的。