肛瘺的內口是初起感染生成肛瘺的入口，是發病的起源，因此，肛瘺都有其內口，同時，瘺管長期不能愈合，充分證明有病灶內口的存在。手術中的觀察也證實了這點。

　　一般來說，絕大多數內口在肛竇內及其附近，集中在肛管后正中部兩側發病。內口可在直腸下部或肛管的任何部位，但多在內外括約肌連接處的平面上。有的有二處內口，一在肛管，一在直腸。臨床中，若內口在直腸下部，表示瘺管復雜，手術操作較困難；若同一平面上有兩個內口時，表示有兩個瘺管，各有內口通入肛管。一般內口較小、圓形，在齒線附近可摸到變硬的凹陷；有的內口較大，形狀不規則；內口較大的多為結核性肛瘺。

　　肛瘺的內口處理是治療的關鍵所在。手術時如找不到內口，或內口處理失當，瘺管則不能完全治愈。即便有時傷口暫時愈合，因入口仍然存在，感染時仍易復發，形成肛瘺。因此，在手術之前，一定要仔細檢查肛瘺的內口，完全切除或切開它，才能徹底治愈肛瘺。