糞便鏡檢時，加生理鹽水一滴于載玻片上，用木簽挑取糞便（膿血部分）少許與生理鹽水混合，涂勻，厚度應適中，查阿米巴包囊時，可加做碘液法，涂片后，覆以蓋片鏡檢。先用低倍鏡將全片檢視一遍，注意有無蟲卵等“大型”物體，再用高倍鏡仔細觀察有無各種細胞、阿米巴包囊及滋養體等。注意，下面各種物體的種類和數量，對腹瀉的診斷具有重要意義。
細胞 ①紅細胞。正常糞便中無紅細胞，腸道下段炎癥（如痢疾、潰瘍性結腸炎、結腸癌等）或出血時可見。在阿米巴痢疾患者糞便中紅細胞遠多于白細胞，成堆存在，并有殘碎現象；在細菌性痢疾患者糞便中紅細胞少于白細胞，分散存在，形態正常。 ②細菌性痢疾時，可見大量與粘液相混的膿細胞；過敏性腸炎、腸道寄生蟲病（尤其是鉤蟲病及阿米巴痢疾）時，糞便中可見較多的嗜酸性粒細胞，還可伴有夏克-雷登結晶。 ③巨噬細胞。巨噬細胞體積大于一般白細胞，核較大而偏于一側，見于細菌性痢疾。 ④腸粘膜上皮細胞。整個小腸、大腸的粘膜上皮細胞均為柱狀上皮，只有直腸齒狀線處由復層立方上皮及未角化的復層鱗狀上皮所被覆。生理情況下，少量脫落的柱狀上皮細胞多已破壞，故正常糞便中見不到。當有炎癥時可增多，且呈卵圓形，或短柱狀，兩端鈍圓，常夾雜于白細胞之間，在偽膜性腸炎的粘膜小塊中多見，此外，粘凍性分泌物中亦大量存在。 ⑤腫瘤細胞。取乙狀結腸癌、直腸癌病人的血性糞便，及時涂片染色，可能找到成堆的癌細胞。
寄生蟲。鏡檢找到各種寄生蟲卵、原蟲滋養體及其包囊，是診斷寄生蟲引起腹瀉的主要依據。
食物殘渣。正常糞便中的食物殘渣均系充分消化后的無定形細小顆粒，僅可偶見淀粉顆粒和脂肪小滴等。 ①淀粉顆粒。為大小不等的卵圓形顆粒。 ②脂肪小滴。正常糞便中偶見中性脂肪及結合脂肪酸，在腸蠕動亢進腹瀉及胰腺外分泌功能減退時可見增多，尤其多見于慢性胰腺炎、胰頭癌時所引起的消化不良性腹瀉。 ③肌肉纖維。日常食用的肉類主要是動物的橫紋肌，經蛋白酶消化分解后多消失，大量肉食后可見少許。多量出現時見于腸蠕動亢進腹瀉及蛋白質消化不良，亦可見于胰腺外分泌功能減退。 ④植物細胞及植物纖維。其形態多樣，正常糞便中僅可見少量，腸蠕動亢進腹瀉時增多。
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