流腦的潛伏期為2-10天，病情發展分為3期。上呼吸道感染期：病原菌侵入鼻咽部，患兒有咽痛、流涕、鼻塞等感冒表現。敗血癥期：多數突發惡寒、高熱、頭痛、惡心、嘔吐、面色蒼白、全身疼痛、表情淡漠，約有70%的患兒皮膚與粘膜上出現瘀點。多數繼續發展，出現腦膜刺激癥狀。腦膜炎期：患兒持續高燒、劇烈頭痛、嘔吐頻繁且多為噴射狀;煩躁不安，重者神志不清。后期常因毒血癥、循環衰竭而死亡。以上3期并非病人經歷的過程。每一階段都有一部分人的病情停止發展并逐漸康復。值得注意的是嬰幼兒發病多不典型，往往誤診為感冒，增加了早期識別的難度。

　　流腦發病來勢兇猛，病情發展迅速，因而一旦發現有感染可疑者必須立即前往醫院診治，治療越早，愈后越好。如貽誤診治，則可導致不同程度的精神發育異常和智力落后。