成人外陰和陰道的鱗狀上皮能抗拒淋球菌的侵入，但淋球菌可侵入前尿道粘膜和尿道的附屬腺體。在受染的第2～7天，尿道和尿道附屬腺體的急性卡他性化膿性炎使膿性滲出物自尿道口流出，尿道口充血、水腫。如不治療則病變上行延及后尿道及其附屬腺體、前列腺、附睪和精囊腺，或Batholin腺、Skene腺（女性的尿道旁腺）、子宮頸以至輸卵管，引起上述組織的化膿性炎，然而難以解釋的是睪丸炎卻極少見。在前列腺可形成膿腫。之后，尿道炎性瘢痕導致尿道狹窄，排尿困難。輸卵管炎可導致輸卵管繖粘連，膿性滲出物積于輸卵管腔內成為輸卵管積膿，從而局部感染慢性化。輸卵管病變如延及卵巢，兩者粘連，形成輸卵管卵巢膿腫；病變更可擴展至盆腔，引起盆腔器官粘連。上述病變可導致所謂盆腔炎性疾病（pelvic inflammatory disease，一種含義并不十分明確的臨床病理綜合征，大部分病例為淋病&cols=1 target=_blank>淋病所致）。患者可因而不育。
約1％～3％的患者可發生菌血癥。臨床上似腦膜炎球菌敗血癥的暴發性敗血癥也可發生，但極少見，表現為皮膚的點狀出血和膿包，甚至發生急性心內膜炎和腦膜炎。
近年來基因診斷技術的應用，使淋病快速診斷有重大突破。目前用于淋球菌檢測的基因診斷方法主要是基因探針技術。基因探針有質粒DNA探針，菌毛DNA探針，染色體基因探針和rRNA基因探針。取少許尿道或宮頸分泌物提取DNA，經PCR擴增，然后用其探針檢測，具有敏感性高，特異性強的優點。
