急性期嚴重腹瀉，可引起失水、酸中毒、電解質紊亂；老年人誘發心肌梗塞，孕婦可導致流產。此外，急性菌痢與中毒型菌痢可分別發生一些并發癥。急性菌痢可并發：

　　(1)急腹癥：如腸穿孔、腸套疊、闌尾炎。

　　(2)關節炎：比較常見。與變態反應有關。男性青年多見，發生于菌痢后2周左右，以大關節為主，關節紅、腫、痛，可有發熱，還可伴有結膜炎、尿道炎，稱之為賴特氏綜合征。關節x片檢查無明顯改變，血沉快，抗“O”正常，血白細胞不高。消炎痛治療有效，但可反復發作，嚴重者可致肌肉萎縮，行走困難。；大多數預后好，數月內可自愈。

　　(3)痢疾桿菌敗血癥：主要見于營養不良、免疫缺陷、3月齡以下嬰兒。主要治療是給予有效抗痢藥，如氟哌酸、頭孢氨噻肟。

　　(4)痢疾性肝炎：表現為一過性轉氨酶升高，短期內可自愈。

　　(5)中毒性心肌炎：患者自覺心慌、氣促。心率快，心律不齊，有心電圖改變。本癥少見。

　　中毒型菌痢尚可并發：

　　(1)彌漫性血管內凝血：極少見。

　　(2)急性呼吸窘迫綜合征：常發生于腦型或休克型之后，大多在病程的18—24小時，來勢兇猛，死亡率高，主要表現為急性進行性吸氣性呼吸障礙。

　　(3)急性溶血性尿毒癥綜合征：急性菌痢與中毒型菌痢均可并發本證。患者畏寒.高熱，尿呈深棕色(醬油色)，化驗為血紅蛋白尿。尿少，肌酐、尿素氮升高。本征死亡率高。

　　(4)類白血病反應：急性菌痢與中毒型菌痢均可并發本病，白細胞升至50×l09/升(50000/立方毫米)以上，死亡率高。

　　(5)心功能不全：心電圖及x線檢查見心臟增大，肺部淤血，T波低平、倒置等，可誘發心衰、心肌梗塞。

　　菌痢還可并發直腸脫垂、腮腺炎、角膜潰瘍、中耳炎、骨髓炎、格林一巴利氏綜合征、女嬰陰道炎、急性膀骯炎、肺炎及胸腔積液等少見并發癥。