當前在發展中國家的血性腹瀉患者中，50%的病原菌仍為痢疾桿菌，而且菌痢的死亡率比霍亂高10倍。因此對菌痢的深入研究比其它腸道菌更有緊迫性。近年對菌痢發病機理的研究主要有以下進展。

　　(1)進一步確認痢疾桿菌的侵入性結腸炎是菌痢的主要病理特征。

　　(2)結腸粘膜炎癥和灶性潰瘍的發生與病原菌內基因的聯合調控有關。已發現承擔侵襲、繁殖和播散功能的基因均位于菌體染色體及質粒之中。下面4個基因的職能已基本搞清：①侵襲質粒抗原(ipa)一一識別宿主胃腸上皮細胞的外膜蛋白；⑧侵襲基因(inv)——使侵襲質粒抗原基因產物插入外膜；②vlrF——在痢疾桿菌侵襲時調節表面成分進行排列組合；④virG———促使病菌脫離吞噬體進入腦漿，并向鄰近細胞播散。

　　(3)各種痢疾桿菌內的大質粒(120—140MDa)所產生的細胞毒素是導致發病和臨床征象的另一因素。細胞毒素的原型是志賀氏毒素，它具有特異活性的糖甙酶，能選擇性抑制腸絨毛細胞蛋白的合成，促使細胞死亡；并使水鈉吸收減少，造成液體在腸腔積聚；積聚的腸液混同炎癥引起的血性分泌粘液和壞死的細胞，刺激腸壁和直腸，造成里急后重和膿血便。